在中華文化圈的世界，年號不只用作紀年，而且是權力合法性的象徵；使用一個年號，代表著從屬於那個政權，願意接受那個政權的管治。日本在明治時代實行一世一元制以前，經常出現更改年號的情況，有時候一個天皇在位期間，會多次更換年號，僅有少數的天皇只用上一個年號。更換年號多數是因為下列情況：
１．天皇踐祚
２．出現天災異變，例如地震、火災、瘟疫
３．逢革命之年，即辛酉革命、甲子革令（辛酉年後的第四年）
除了天皇踐祚之外，以上原因看似是不可抗力，但實際的改元操作上也涉及許多人為因素，特別是戰亂時期，改元更淪為權力者的政治鬥爭工具。以下以戰國時期永祿、天正兩個年號為例子，簡單介紹這兩場充滿張力的年號戰爭。
從弘治到永祿
決定年號本來是朝廷的權限，但自從武家政權出現之後，幕府對於改元一事便擁有發言權。幕府可以反對天皇使用某一年號，另一方面天皇選用某個年號時會徵詢幕府意見，漸漸發展成朝廷與幕府共同決定年號的傳統。直到戰國時代，幕府將軍依然擔任這個角色，就算沒有實力，但靠著這個角色尚可以維持著一點威望。
室町幕府第十三代將軍足利義輝在任期間，細川晴元和三好長慶先後得勢，領地橫跨四國和五畿內。細川晴元曾與足利義晴、義輝父子對立，足利父子一度退出京都，後來重修舊好，但沒多久細川晴元被他的下屬三好長慶背叛，在天文十八年（１５４９年）江口之戰敗給三好長慶，細川晴元便帶著足利父子退出京都，三好長慶從此掌握京都，聲望大增。
足利義輝多番失勢退出京都，總結過程如下：
天文十年（１５４１年）隨父親足利義晴敗走近江坂本。
天文十七年（１５４８年）返回京都，當時已任將軍。
天文十八年（１５４９年）江口之戰，足利義輝再度敗走近江坂本。
天文二十一年（１５５２年）與三好長慶修好，返回京都。
天文二十二年（１５５３年）與三好長慶決裂，敗走近江朽木谷。
永祿元年（１５５８年）正親町天皇踐祚。二月改元。
同年十一月再度與三好長慶修好，返回京都。
足利義輝元服（１５４６年，初名義藤，後改名義輝，本文一律統稱義輝）、受任將軍職（１５４６年）、敘官（１５５４，從三位），都在近江棲身時進行，但這些都是單方向的個人名譽授予，與政權無甚關係，可是改元永祿一事也在他棲身近江的時候進行，而且被排除在外不得參與，關係到將軍權限和朝廷認受性的問題，便值得大書特書。
本來就算將軍不在京都，朝廷也可以派人聯絡身在外地的將軍徵詢其意見，從享祿改元天文的時候（１５３２年），將軍足利義晴身在近江觀音寺城，朝廷亦有派人到當地聯絡將軍，顯然沒有地域限制的問題。可是當三好長慶入主京都，也繼承了與朝廷一同決定年號的職責，以示自己是名符其實的掌權者。改元之事朝廷不但沒有詢問足利義輝的意見，連一聲通知也沒有，他只是從別人口中得知此事，表示朝廷已不再視他為武家棟樑，只是徒具虛名的將軍，更遑論有決定年號的資格。可想而知他內心有多憤恨，他不但拒絕使用新年號，更在當年三月出兵劍指京都。足利一方得到南近江六角義賢支援，與三好家戰於京都北白川，戰況陷於膠著，直到同年十一月在六角義賢調停下，足利義輝與三好長慶言和，才得以復歸京都。
自從應仁文明之亂，將軍流落異鄉並不是罕見的事，但將軍的權限並沒有因此而被取代。足利將軍仍然是權威的代表，縱使流落在外，也不乏各地大名支持，就像周防的大內義興，利用足利義稙回歸京都的願望而傾全國之力上洛，後來因為擁立之功而獲賜管領代一職，當初的投資獲得豐厚回報；而三好長慶入主京都之後，卻是有實無名，於是便透過許多方式昭告世人：三好家已取代足利家成為天下武家棟樑。當時在京都尚有足利義輝的弟弟鹿苑院周暠和一乘院覺慶（即後來的足利義昭），但三好長慶置之不理，沒有要擁立他們繼任將軍的意思。他的考量或已超出「足利家＝武家棟樑」的框架。
不只如此，三好長慶還行使將軍權限，插手各地勢力的事務。例如天文二十四年（１５５５年）石清水八幡宮社家家督之爭，身在近江的足利義輝屬意由東竹甲清繼承家督，三好長慶卻否決義輝的意向，決定由西竹教清繼任。此外，出雲鰐淵寺和清水寺爭奪左座之位（宗教儀式中座次高低之爭，左比右高，爭奪左座即是爭奪高位的意思），由於鰐淵寺是杵築大社的神宮寺，清水寺則是與尼子家有關係的寺院，雙方爭執已有多年，規模非同小可，連遠至京都的朝廷和幕府都牽涉其中；就兩寺之爭，朝廷和幕府都沒法作出決定性的裁斷，但三好長慶一鎚定音，把左座之位判給鰐淵寺，終於平息了兩寺的紛爭。三好長慶仿佛是朝廷與幕府的代表，調解各地大名的紛爭，甚至推舉盟友任官的事情上，也都徑直繞過足利將軍擅自處置。
但是三好長慶如何取代足利義輝，成為合法權限的擁有人？在江口之戰後，公卿中的前任關白九條稙通便積極接近三好長慶，借他的聲威對抗時任關白兼與足利將軍家關係密切的近衛前久。近衛前久在天文二十四年（１５５５年）與足利將軍家斷交後，九條家在朝廷中便再無敵手。也許因為得到九條家的支持，加上足利義輝多年不在京都，所以三好長慶順理成章獲朝廷委任成為仲裁者，甚至在改元這件大事上代替足利義輝作出決定性作用。
可是足利義輝也不是坐以待斃的人。他寄身近江期間，依然積極發出御內書，調停各地大名的紛爭，而地方大名並不是人人都像三好長慶那樣強大到不需依賴將軍權威過活，尤其是在與鄰近大名作戰處於下風時，不得不借用足利將軍的令旨作擋箭牌，故此足利義輝仍保存著一定的影響力。他雖然不承認新年號，形同朝廷敵人，但還是得到不少大名（尤其是三好家的敵對大名）的支持；反映在年號使用上，便可區分三好、足利兩大陣營：今川、武田、北條等大名馬上使用新年號，即與三好家站在同一陣線，毛利家則與足利義輝一樣拒絕使用永祿元號，一封毛利隆元自筆覺書，日期署上「弘治四 十一月十八日」，表示直到當時為止，仍沿用弘治舊年號。
毛利家的領土與三好家相當接近，是三好家的大患。三好長慶把原本是足利一門才能擔任的九州探題賜給與毛利家敵對的大友宗麟，既收牽制毛利家的效果，也有否定足利家權威的意義。
此後三好家進入鼎盛期，足利義輝即使在京，其待遇已無法與三好家比肩。從永祿二年（１５５９年）起，除三好長慶早年便敘任從四位下之外，他的胞弟三好實休、嫡子三好義興、重臣松永久秀，亦陸續敘任從四位下（其時足利義輝敘任從三位），兼拜領桐紋（原是天皇特准足利一門使用的家紋），待遇堪比足利將軍家。三好長慶自身不消說，就連他的族人和重臣都享有如此尊榮，惹來各地仍依附將軍權威的大名們的不滿。
順帶一提，永祿七年（１５６４年）適逢甲子年，按照傳統應該改元。提出改元建議的是三好家，但正親町天皇為了顧全足利義輝的面子而拒絕三好家的建議。這是明治時代以前唯一一次甲子年不改元的特例。
同年七月三好長慶病逝，一年後的永祿八年（１５６５年）五月足利義輝也命喪三好義繼（三好長慶的養子，三好宗家家督）和松永久通（松永久秀之子）之手。經過幾年混亂，三好家走向下坡，被新興勢力織田信長取代。
從元龜到天正
永祿十一年（１５６８年）九月，足利義昭在織田信長強大軍力支持下順利入京，將三好家勢力逐出京城；前任將軍足利義榮恰好這時候病逝，足利義昭順理成章繼任為第十五代將軍。
足利義昭對有擁立之功的織田信長感恩戴德，罕有地尊他為「御父」，但足利義昭有意重振幕府威信，不僅積極調停各地大名紛爭，組織自己的班底，在京都斯波義廉舊邸擴建巨型御所，更主動上奏朝廷將年號永祿改換成元龜（１５７０年）。一連串動作讓人感到室町幕府似乎能重拾昔日威望。
織田信長把足利義昭送入京都之後便即返回美濃，與足利義昭仍保持同盟關係。織田信長的戰略重心更大程度是放在自己領地的發展上，而不急於在京都稱霸，也不在乎官職等虛銜。有人認為織田信長不接受管領代的職位，是因為他不願進入足利幕府的體系中，被將軍制肘。他協助足利義昭對付阿波三好家，足利義昭亦替信長協調與周邊大名的和談，雙方互利互保。
然而在織田信長眼中，足利義昭在施政上有嚴重不足的地方，於是先後向足利義昭提出十六條殿中御掟和追加五條意見書，提示義昭日常行政應當注意的事情。一般認為織田信長透過意見書約束足利義昭的行為（例如將軍向大名發出的御內書，必須添上信長的副狀才能作實），讓義昭做自己的傀儡，追加五條書當中更有一道言明織田信長不須依照足利將軍家的意思行事，更加強這說法的說服力，因而有人認為足利義昭與織田信長的不和由此而來；但後來有學者研究指出，織田信長意見書的內容，大部份都是以往幕府傳統做法，提出來只是希望義昭不要乖離往例，可說是正面的建議，至於信長不依從將軍意思行事這一點，足利義昭亦沒有表示反對。也許在足利義昭眼中這都是惡意的批評，也不見得他會全部遵守信長的建議。
足利義昭的心境如何不得而知，他表面上對織田信長畢恭畢敬，為織田家與朝倉家居中調停，暗地裡卻策動淺井、朝倉、六角、本願寺、上杉、武田等大名圍攻織田家，織田信長對足利義昭的陽奉陰違亦心知肚明，但一直隱忍自重，在寫給細川藤孝的書信中，表示自己對足利義昭仍盡臣下之責。元龜三年（１５７２年）初，足利義昭的近臣上野清信即建議除現在信長陷於劣勢的時候起兵剷除織田，為此與主張降伏的細川藤孝起爭執，足利義昭不聽信細川藤孝的意見，藤孝蟄居以示抗議。足利與織田雖然勢成水火，卻又未至於決裂，雙方維持著貌合神離的微妙關係。
這一年發生改元未遂事件。三月二十九日，朝廷同時向足利義昭和織田信長下達繳交改元儀式費用的命令，一般認為改元是足利義昭的提議，可是後來足利義昭拒絕繳交經費，令改元遲遲未能實行；到了九月，織田信長向足利義昭提出了著名的異見十七條，其中第十條便提到「世間的人都認為元龜的年號甚為不吉，應當改元‥‥‥宮中亦派人催促」，但足利義昭拒絕出資使改元未能實現，違背了世人的願望。這裡值得留意的是，織田信長當時正在南征北戰焦頭爛額，尚未在京都站穩陣腳，但他既不代表朝廷也不代表幕府，卻參與改元一事，有極大的發言權，可見他的勢力已得到朝廷的重視，像往年的三好家一樣自成一格。
考慮到這份異見十七條書有多份手寫本留存於世，推測這是織田信長有意向其他大名披露足利義昭的劣政，替自己爭取與足利將軍為敵的名份，那麼足利義昭拒絕出資一事的實情可能並不如字面所指那樣單純。
該年年底信長包圍網逐漸收緊，朝倉、武田先後起兵；第二年（元龜四年，１５７３年）三月足利義昭與織田信長正式決裂，但當時朝倉義景早已退兵，武田信玄亦已奄奄一息，其他如淺井和本願寺不見有大動作，儘管如此，織田信長還是不主動攻擊足利義昭，而是尋求和平的解決方式。經過幾番離合，足利義昭在七月十八日正式向信長投降，退出槙島城，逃命途中受到土民襲擊，二十一日才進入三好義繼的河內若江城。
同日七月二十一日織田信長進入京都，任命村井貞勝為京都所司代。僅七日後（二十八日）便即落實改元，正式使用天正新年號，可見改元工作一直是待辦事項，因為從典籍中尋章摘句到最後選擇，需要經過許多手續，朝廷與將軍書信往來也耗費時間，並不是一時三刻可以完成，也許此前信長一直保持與朝廷溝通，待信長入京後便水到渠成；而足利義昭尚在，但朝廷和織田信長已不再徵詢義昭的意見，表示織田信長已取代足利義昭成為名實兼備的天下人。
中世年號一覽：
（圖表由小編太郎 陳家倫製作）
